A finales del siglo XVI, cuando comienza la historia del convento, el cerro de la Popa era todavia un lugar salvaje cubierto por espesa selva que servía de refugio a muchas especies de reptiles, algunos de ellos terriblemente venenosos. Esto hacía que los habitantes de Cartagena mirarán el lugar como algo terrorífico e impenetrable. Pero lo que más terror les infundía era la presencia allí del demonio. Desde sus comienzos la Popa ha sido blanco de todas las miradas, incluyendo la de los piratas, quienes la consideraban como un castillo fortificado que había que tomarse de alguna manera. En 1585 el famoso pirata inglés Juan Drake asaltó a la Ciudad Heroica con una flota de 23 navíos y una fuerza de 2.500 hombres. Los ataques continuaron, esta vez afectando al convento de la Popa.Cuando el viajero se acerca a Cartagena por cualquiera de las tres vías -terrestre, marítima o aérea- lo primero que divisa desde lejos es una serranía o pequeña colina, cuya parte más alta mide 148 metros sobre el nivel del mar. Siempre se le ha llamado La Popa de La Galera.
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